A diferencia de la NES, la historia de esta versión se compadece más con la trama de la pelÃcula. Además aquà se pueden usar 5 armas únicas mientras que la versión de NES solo permite 3, la versión de Genesis tiene sólo el Batarang como un arma especial con limitada continúa. El gancho es un elemento adicional para la versión de Genesis. Una diferencia que tiene el videojuego con la pelÃcula es que en la pelÃcula Batman trata de salvar a Naiper cuándo va a caer a los ácidos, y en esta versión Batman golpea a Naiper y este cae a los ácidos.